Setiap kali berbelanja di Mal Jayapura, saya hampir selalu parkir tepat di sebelah Tugu Pepera. Letaknya yang memang berada di pinggir jalan dan tepat di samping depan mal jayapura menjadikan tugu ini sangat mudah terlihat oleh mata. Sudah lama pula saya curious akan sejarah detil peristiwa Pepera. Bila anda memiliki rasa penasaran yang sama seperti saya, saya tuliskan informasi sejarah yang saya peroleh dari berbagai sumber.

Proklamasi kemerdekaan RI yang jatuh pada tanggal 17 Agustus 1945 memberikan hak tak tertulis untuk mengklaim daerah Hindia-Belanda, salah satunya adalah Irian Barat. Namun pengklaiman itu tidak dianggap sah oleh pemerintah belanda sehingga terjadilah Aksi Polisionil I (21 Juli-5 Agustus 1947) serta Aksi Polisionil II (19 Desember 1948-5 Januari 1949) dengan tujuan mengembalikan status Indonesia sebagai negara jajahan Belanda untuk kedua kalinya. Aksi tersebut menuai kecaman keras dari PBB sehingga melalui proses panjang Perjanjian Linggarjati (1947), Perjanjian Renville (1948) serta Perjanjian Roem-Royen (1949) akhirnya Indonesia bertemu dengan Belanda dalam Konferensi Meja Bundar (KMB) di Den Haag, Belanda, 22 Agustus 1949-2 November 1949. Dari konferensi tersebut, disepakati Belanda mengakui kedaulatan Indonesia dan menunda pembahasan Irian Barat satu tahun ke depan. Namun pemerintah Belanda selalu mengulur hingga akhirnya pada tahun 1954, perwakilan Indonesia di PBB mengajukan masalah Irian Barat sebagai salah satu agenda PBB.
Pada tanggal 19 Desember 1961 tepat di alun-alun utara Yogyakarta Soekarno mengumumkan pelaksanaan Trikora (Tri Komando Rakyat). Operasi ini berakhir pada tanggal 15 Agustus 1962 dengan diadakannya perundingan antara Indonesia dan Belanda yang bertempat di Markas Besar PBB, New York. Indonesia diwakili oleh Soebandrio sedangkan Belanda diwakili oleh Jan Herman van Roijen dan C.W.A. Schurmann. Beberapa isi dari Persetujuan New York adalah:

• Pemerintahan Papua bagian barat akan diserahkan kepada United Nations Temporary Executive Authority (UNTEA), yang didirikan oleh Sekretaris Jenderal PBB. 
• Penentuan pendapat akan diadakan sebelum akhir tahun 1969.
• Dengan bantuan PBB, penduduk Papua bagian barat akan diberikan kesempatan untuk: 

1. mengambil keputusan melalui musyawarah dengan perwakilan penduduk Papua bagian barat
2. penetapan tanggal penentuan pendapat
3. perumusan pertanyaan dalam penentuan pendapat akan kehendak penduduk Papua untuk tetap bergabung dengan Indonesia  atau memisahkan diri dari Indonesia
4. Semua penduduk dewasa, laki-laki dan perempuan, memiliki hak untuk ikut serta dalam penentuan pendapat yang akan diadakan sesuai dengan standar internasional

Pada awal tahun 1969, diselenggarakan Pepera (Penentuan Pendapat Rakyat) melalui 3 tahap:

• Tahap pertama (24 maret 1969), konsultasi dengan dewan kabupaten di Jayapura mengenai tata cara penyelenggaraan Pepera.
• Tahap kedua, pemilihan Dewan Musyawarah pepera yang berakhir pada bulan Juni 1969.
• Tahap ketiga, pelaksanaan pepera dimulai dari kabupaten Merauke pada 14 Juli 1969 dan berakhir di Jayapura pada tanggal 4 Agustus 1969.

Pelaksanaan Pepera turut disaksikan oleh utusan PBB, utusan Australia dan utusan Belanda. Hasil Pepera menunjukkan bahwa masyarakat Irian Barat menghendaki bergabung dengan NKRI. Hasil pepera ini sempat menuai protes karena dinilai tidak sesuai dengan praktik Hukum Internasional, HAM dan Demokrasi yaitu dengan cara "One Man One Vote" satu orang satu suara. Dalam prakteknya, Pepera dilakukan menurut kebiasaan Indonesia yaitu musyawarah "satu suara banyak orang". dan para peserta PEPERA dipilih oleh pemerintah Indonesia sendiri dimana para peserta diisolasi dan mengalami intimidasi serta teror oleh militan dan militer TRIKORA Indonesia yang dikomando oleh Soeharto, dengan tujuan membubarkan negara baru West Papua yang dibentuk oleh Organisasi Papua Merdeka (OPM) pada 1 Desember 1962 serta mensukseskan penentuan Pendapat Rakyat (PEPERA) 1969. Hasil Pepera tersebut tetap dibawa ke sidang umum PBB dan Sidang Umum PBB menerima serta menyetujui hasil Pepera pada 19 November 1969.